公元１６４４年，李自成在西安正式建立了政權，國號大順。接著，李自成率領一百萬起義將士，渡過黃河，分兩路進攻北京。兩路大軍勢如破竹，到了這年三月，就在北京城下會師。城外駐守的明軍最精銳的三大營全部投降。
起義軍猛攻北京城。第二天晚上，崇禎帝登上煤山（在皇宮的后面，今北京景山）上往四周一望，只見火光映天，知道形勢危急，跑回宮里，拼命敲鐘，想召集官員們來保護他。等了好久，連個人影兒都沒有。這時候，他才知道末日到來，又回到煤山，在壽皇亭邊一棵槐樹下上吊自殺。統治中國二百七十七年的明王朝，宣告滅亡。
大順起義軍攻破北京，大將劉宗敏首先率領隊伍進城，接著，大順王李自成頭戴笠帽，身穿青布衣，跨著駿馬，緩緩地進了紫禁城。北京的百姓像過節一樣，張燈結彩歡迎起義軍。
大順政權一面出榜安民，叫大家安居樂業；一面嚴懲明王朝的皇親國戚、貪官污吏。李自成派劉宗敏和李過，勒令那些權貴交出平時從百姓身上搜刮來的贓款，充當起義軍的軍餉，拒絕交付的處重刑。少數民憤大的皇親國戚被起義軍抓起來殺頭。
有個大官僚吳襄，也被劉宗敏抄了家產，并且逮捕起來追贓。有人告訴李自成說，吳襄的兒子吳三掛是明朝的山海關總兵，手下還有幾十萬大軍。如果把吳三桂招降了，豈不是解除了大順政權一個威脅。
李自成覺得這個主意很有道理，就叫吳襄給他兒子寫信，勸說他向起義軍投降。
吳三桂原來是明朝派到關外抗清的，駐扎在寧遠一帶防守。起義軍逼近北京的時候，崇禎帝接連下命令要吳三桂帶兵進關，對付起義軍。吳三桂趕到山海關，北京已被起義軍攻破。過了幾天，吳三桂收到吳襄的勸降信，倒猶豫起來。向起義軍投降吧，當然是他不愿意的；要不投降吧，起義軍勇猛善戰，兵力強大，自己不是他們的對手。再說，北京還有他的家屬財產，也舍不得丟掉。既然李自成來招降，不如到北京去看看情況再說。
吳三桂帶兵到了灤州，離北京越來越近，就遇到一些從北京逃出來的人。吳三桂找來一問，開始，聽說他父親吳襄被抓，家產被抄，已經恨得咬牙切齒；接著，又聽說他最寵愛的歌姬陳圓圓也被起義軍抓走，更是怒氣沖天，立刻下令退回山海關，并且要將士們一律換上白盔白甲，說是要給死去的崇禎帝報仇。
李自成得知吳三桂拒絕投降，決定親自帶二十多萬大軍，進攻山海關。吳三桂本來就害怕農民軍，聽到這消息，嚇得靈魂出竅。他也顧不了什么民族氣節，寫了一封信，派人飛馬出關，請求清朝幫助他鎮壓起義軍。
清朝輔政的親王多爾袞接到吳三桂的求救信，覺得機會來到，立刻回信同意。接著，他親自帶著十幾萬清兵，日夜不停地向山海關進兵。
清軍到了山海關下，吳三桂已經迫不及待地帶著五百個親兵出關迎接多爾袞。他見了多爾袞，卑躬屈膝地哀求多爾袞幫他報仇。多爾袞自然順水推舟地答應。吳三桂把多爾袞請進關里，大擺酒宴，殺了白馬烏牛，祭拜天地，訂立了同盟。
李自成大軍從南面開到山海關邊。二十多萬起義軍，依山靠海，擺開浩浩蕩蕩的一字陣，一眼望不到邊。老奸巨猾的多爾袞從城頭望見起義軍陣容堅強，料想不容易對付，就讓吳三桂打先鋒，叫清軍埋伏起來，自己和幾名清將遠遠躲在后面的山頭觀戰。
戰斗開始了，李自成騎著馬登上西出指揮作戰。吳三桂帶兵一出城，起義軍的左右兩翼合圍包抄，把吳三桂和他的隊伍團團圍住。明兵東竄西突，沖不出重圍；起義軍個個血戰，喊殺聲震天動地。
正在雙方激烈戰斗的時候，不料海邊一陣狂風，把地面上的塵沙刮起，一霎時，天昏地黑，對面見不到人。多爾袞看準時機，命令埋伏在陣后的幾萬清兵一起出動，向起義軍突然襲擊。起義軍毫無防備，也弄不清是哪兒來的敵人，心里一慌張，陣勢也就亂了。直到風定下來，天色轉晴，才看清楚對手是留著辮子的清兵。
李自成在西山上發現清兵已經進關，想穩住陣腳，指揮抵抗，已經來不及了，只好傳令后撤。多爾袞和吳三桂的隊伍里外夾擊，起義軍遭到慘重失敗。
李自成帶領將士邊戰邊退。吳三桂仗著清兵的勢，在后面緊緊追趕。起義軍回到北京，兵力已經大大削弱。
李自成回北京后，在皇宮大殿里舉行即位典禮，接受官員的朝見。第二天一清早就率領起義軍，離開北京，向西安撤退。
李自成離開北京的第三天，多爾袞帶領清兵，耀武揚威地開進北京城。公元１６４４年十月，多爾袞把順治帝從沈陽接到北京，把北京作為清朝國都。打那時候起，清王朝就開始在中國建立了它的統治。
第二年，清朝分兵兩路攻打西安。一路由阿濟格和吳三桂、尚可喜率領，一路由多鐸（音ｄｕó）和孔有德率領。李自成率領農民軍在潼關抗擊清軍，經過激烈戰斗，終于被迫放棄西安，向襄陽轉移。過了幾個月，農民軍在湖北通山縣九宮山，遭到當地地主武裝襲擊，李自成戰敗犧牲。
李自成退出北京后，張獻忠在四川稱帝，國號大西，繼續抗擊清軍。到公元１６４７年，清軍進四川，張獻忠在川北西充的鳳凰山的一場戰斗中，中箭死去。這樣明朝末年的兩支主要起義軍都失敗了。
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